microbe_id microbe_tax_id microbe_name microbe_tax_level genus_id genus_name family_id family_name superking_id superking_name if_probiotic probiotic_use_species probiotic_research_stage if_has_abundance PMDBM107 n.a. Bifidobacterium ruminatum Species 1678 Bifidobacterium 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM108 41200 Bifidobacterium sp. Species 1678 Bifidobacterium 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria Yes Human Clinical trial No PMDBM109 n.a. Bifidobacterium spp. Species 1678 Bifidobacterium 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM113 1532 Blautia coccoides Species 572511 Blautia 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM115 649762 Blautia luti DSM14534 Strain 572511 Blautia 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM116 40520 Blautia obeum Species 572511 Blautia 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM118 n.a. Blautia spp. Species 572511 Blautia 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM120 80840 Burkholderiales Order n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM124 831 Butyrivibrio fibrisolvens Species 830 Butyrivibrio 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria Yes Human Research No PMDBM125 43305 Butyrivibrio proteoclasticus Species 830 Butyrivibrio 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM126 28121 Butyrivibrio sp. Species 830 Butyrivibrio 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria Yes Animal Research No PMDBM130 n.a. Chaetomium spp. Species 5149 Chaetomium 35718 Chaetomiaceae 2759 Eukaryota n.a. n.a. n.a. No PMDBM131 990719 Christensenellaceae Family n.a. n.a. 990719 Christensenellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM132 35703 Citrobacter amalonaticus Species 544 Citrobacter 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM133 67824 Citrobacter farmeri Species 544 Citrobacter 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM135 508459 Cloacibacillus n.a. n.a. n.a. 649777 Synergistaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM136 186801 Clostridia Class n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM137 186802 Clostridiales Order n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM139 n.a. Clostridiales unclassified Species n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM14 135622 Alteromonadales Order n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM140 1496 Clostridioides difficile Species n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM143 208479 Enterocloster bolteae Species n.a. n.a. 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM146 358743 Enterocloster citroniae Species n.a. n.a. 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM15 78352 anaerobic bacterium 'strain 7' Species n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM156 84030 Lacrimispora saccharolytica Species n.a. n.a. 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM159 n.a. Clostridium sp. Species 1485 Clostridium 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria Yes Animal Research No PMDBM160 n.a. Clostridium sp. HGH 136 Species 1485 Clostridium 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM17 2086 Anaeroplasma n.a. n.a. n.a. 186333 Anaeroplasmataceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM173 84107 Coriobacteriaceae Family n.a. n.a. 84107 Coriobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM174 84999 Coriobacteriales Order n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM177 191394 Deferribacteraceae Family n.a. n.a. 191394 Deferribacteraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM18 n.a. Anaerostipes sp. Species n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. No PMDBM188 1929886 Eggerthella sp. Species 84111 Eggerthella 1643826 Eggerthellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM189 n.a. Eggerthella sp. Julong732 Species 84111 Eggerthella 1643826 Eggerthellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM190 1432052 Eisenbergiella tayi Species 1432051 Eisenbergiella 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM194 543 Enterobacteriaceae Family n.a. n.a. 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM195 n.a. Enterobacteriales n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM203 1547 Erysipelatoclostridium ramosum Species 1505663 Erysipelatoclostridium 128827 Erysipelotrichaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM204 128827 Erysipelotrichaceae Family n.a. n.a. 128827 Erysipelotrichaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM206 526525 Erysipelotrichales Order n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM207 526524 Erysipelotrichia Class n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM215 n.a. Escherichia sp. Species 561 Escherichia 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM217 n.a. Eubacterium A-44 Species 1730 Eubacterium 186806 Eubacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM226 n.a. Eubacterium sp. Species 1730 Eubacterium 186806 Eubacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM227 n.a. Eubacterium sp. GLH Species 1730 Eubacterium 186806 Eubacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM228 n.a. Eubacterium spp. Species 1730 Eubacterium 186806 Eubacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM229 n.a. Eubacterium spp. SDG-2 Species 1730 Eubacterium 186806 Eubacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM231 n.a. Eubacterium YK-4 Species 1730 Eubacterium 186806 Eubacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM234 n.a. Faecalibacterium spp. Species 216851 Faecalibacterium 541000 Ruminococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM235 n.a. Feptostreptoccous YK-10 Species n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM237 204430 Fibrobacteria Class n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM239 1239 Firmicutes Phylum n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM24 n.a. Atopobium spp. Species 1380 Atopobium 1643824 Atopobiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM240 n.a. Firmicutes/Bacteroidetes ratio n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. No PMDBM242 32066 Fusobacteria Phylum n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM243 n.a. Fusobacterium K-60 Species 848 Fusobacterium 203492 Fusobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM246 1236 Gammaproteobacteria Class n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM248 204475 Gemmiger Genus 204475 Gemmiger 541000 Ruminococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM25 91061 Bacilli Class n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM251 n.a. Gordonibacter urolithinfaciens sp. nov Species 644652 Gordonibacter 1643826 Eggerthellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM252 n.a. Gram-negative bacterium B1G-1A Species n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM254 2049029 Holdemania sp. Species n.a. n.a. 128827 Erysipelotrichaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM260 576 Klebsiella sp. Species 570 Klebsiella 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM261 577 Raoultella terrigena Species 160674 Raoultella 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM263 186803 Lachnospiraceae Family n.a. n.a. 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM264 n.a. Lachnospiraceae incertae sedis Species n.a. n.a. 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM265 n.a. Lachnospiraceae unclassified Species n.a. n.a. 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM266 29370 Lacrimispora sphenoides Species n.a. n.a. 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM267 186826 Lactobacillales Order n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM27 n.a. Bacterium DZY-HS11 Species n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM275 n.a. Lactobacillus L-2 Species 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM278 1597 Lactobacillus paracasei Species 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria Yes Human Marketed No PMDBM28 815 Bacteroidaceae Family n.a. n.a. 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM283 1591 Lactobacillus sp. Species 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria Yes Animal Research No PMDBM284 n.a. Lactobacillus spp. Species 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM287 341220 Lactonifactor longoviformis Species n.a. n.a. 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM289 1643 Listeria welshimeri Species 1637 Listeria 186820 Listeriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM29 171549 Bacteroidales Order n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM293 31969 Mollicutes Class n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM294 46225 Moraxella Subgenus 475 Moraxella 468 Moraxellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM296 437755 Moryella Genus 437755 Moryella 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM297 248038 Mucispirillum n.a. n.a. n.a. 191394 Deferribacteraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM3 1760 Actinobacteria Class n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM30 n.a. Bacteroidales unclassified Species n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM301 182709 Oceanobacillus Genus 182709 Oceanobacillus 186817 Bacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM306 1945593 Oscillibacter sp. Species 459786 Oscillibacter 216572 Oscillospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM307 119852 Oscillospira Genus 119852 Oscillospira 541000 Ruminococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM317 186804 Peptostreptococcaceae Family n.a. n.a. 186804 Peptostreptococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM319 n.a. Peptostreptococcus intermedius EBF 77/25 Species 1257 Peptostreptococcus 186804 Peptostreptococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM32 85831 Bacteroides acidifaciens Species 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM320 n.a. Peptostreptococcus spp. SDG-1 Species 1257 Peptostreptococcus 186804 Peptostreptococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM321 n.a. Phascolarctobacter n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. No PMDBM323 203683 Planctomycetia Class n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM325 171551 Porphyromonadaceae Family n.a. n.a. 171551 Porphyromonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM327 537011 Pretovella copri DSM18205 Strain 838 Prevotella 171552 Prevotellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM332 n.a. Prevotella pneumophila Species 838 Prevotella 171552 Prevotellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM334 171552 Prevotellaceae Family n.a. n.a. 171552 Prevotellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM335 n.a. Prevotellaceae_NK3B31_group n.a. n.a. n.a. 171552 Prevotellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM336 31957 Propionibacteriaceae Family n.a. n.a. 31957 Propionibacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM337 1224 Proteobacteria Phylum n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM338 n.a. Proteus mirabillis S2 Species 583 Proteus 1903414 Morganellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM343 46205 Pseudobutyrivibrio Genus 46205 Pseudobutyrivibrio 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM344 n.a. Pseudocera n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM345 135621 Pseudomonadaceae Family n.a. n.a. 135621 Pseudomonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM348 294 Pseudomonas fluorescens Species 286 Pseudomonas 135621 Pseudomonadaceae 2 Bacteria Yes Animal Field trial (Animal) No PMDBM351 171550 Rikenellaceae Family n.a. n.a. 171550 Rikenellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM352 n.a. Rosburia ssp, S24-7 Species n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. No PMDBM357 541000 Ruminococcaceae Family n.a. n.a. 541000 Ruminococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM358 n.a. Ruminococcaceae unclassified Species n.a. n.a. 541000 Ruminococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM367 41978 Ruminococcus sp. Species 1263 Ruminococcus 541000 Ruminococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM368 n.a. Ruminococcus spp. P01-3 Species 1263 Ruminococcus 541000 Ruminococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM372 n.a. Salmonella spp. Species 590 Salmonella 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM374 99287 Salmonella typhimurium LT2 Strain 590 Salmonella 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM375 n.a. SCFA-producing bacteria n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM376 n.a. Segmented filamentous bacteria n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM379 498718 Slackia equolifaciens Species n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM380 572010 Slackia isoflavoniconvertens Species n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM384 1300 Streptococcaceae Family n.a. n.a. 1300 Streptococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM390 n.a. Streptococcus S-2 Species 1301 Streptococcus 1300 Streptococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM393 211046 Styrax aureus Species 13699 Styrax 20008 Styracaceae 2759 Eukaryota n.a. n.a. n.a. No PMDBM396 n.a. Sulfite-reducing bacterium LF11mE1 n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM398 1981025 Sutterella sp. Species 40544 Sutterella 995019 Sutterellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM400 n.a. Unidentified anaerobic bacterium n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. No PMDBM401 n.a. Unidentified gut microbes n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. No PMDBM402 n.a. Unidentified oral microbes n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. No PMDBM403 n.a. Unidentified probiotic n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. No PMDBM404 n.a. Unidentified vaginal microbes n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. No PMDBM407 74201 Verrucomicrobia Phylum n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM409 172900 Victivallis Genus 172900 Victivallis 255528 Victivallaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM410 340101 Victivallis vadensis ATCC BAA-548 Strain 172900 Victivallis 255528 Victivallaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM502 n.a. Bifidobacterium infantis NRRL B-41661 Species 1678 Bifidobacterium 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM503 n.a. Clostridiales spp. Species n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM504 n.a. Enterococcus spp. Species 1350 Enterococcus 81852 Enterococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM505 n.a. Eubacterium rectale−C. coccoides group n.a. 1730 Eubacterium 186806 Eubacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM507 n.a. Lactobacillus bulgaricus LBY-27 Species 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM512 n.a. Nocardioides spp. Species n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. No PMDBM513 n.a. Paenibacillus spp. Species n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. No PMDBM514 n.a. Acinobacter spp. Species n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. No PMDBM515 n.a. Bacillus spp. Species 55087 Bacillus 55086 Bacillidae 2759 Eukaryota n.a. n.a. n.a. No PMDBM516 n.a. Bacteroidaceae/Bifidobacteriaceae ratio n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. No PMDBM518 n.a. Bacteroides−Prevotella Species n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM519 n.a. Bacteroides−Prevotella spp. Species n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM523 n.a. Blautia coccoides−Eubacterium rectale n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. No PMDBM524 n.a. Clostridium histolyticum group Species 1485 Clostridium 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM525 n.a. Cytophaga-Flexibacter n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. No PMDBM526 n.a. Enterobacteria n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM527 n.a. Lactic acid producing bacteria Species n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM528 n.a. Pseudof lavonifractor Species n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. No PMDBM529 n.a. S24-7 (Bacteroidetes) Species n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. No PMDBM530 n.a. Sulfate-reducing bacteria Species n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. No PMDBM55 n.a. Bacteroides J-37 Species 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM56 n.a. Bacteroides JY-6 Species 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM60 29523 Bacteroides sp. Species 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM63 n.a. Bacteroides spp. Species 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM77 311784 Bacteroides WH2 WH2 Strain 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM80 976 Bacteroidetes Phylum n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM81 n.a. Bacteroidetes/Firmicutes ratio n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. No PMDBM85 31953 Bifidobacteriaceae Family n.a. n.a. 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM86 85004 Bifidobacteriales Order n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM92 n.a. Bifidobacterium B-9 Species 1678 Bifidobacterium 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM99 n.a. Bifidobacterium K-506 Species 1678 Bifidobacterium 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM600 434 Acetobacter genus 434 Acetobacter 433 Acetobacteraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM601 1287736 Achromobacter aegrifaciens Species 222 Achromobacter 506 Alcaligenaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM602 204432 Acidobacteria class n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM603 12916 Acidovorax genus 12916 Acidovorax 80864 Comamonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM604 980514 Acinetobacter baumannii TCDC-AB0715 Strain 469 Acinetobacter 468 Moraxellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM605 707232 Acinetobacter haemolyticus ATCC 19194 Strain 469 Acinetobacter 468 Moraxellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM606 n.a. Actinobacteria cluster ACK M1 Strain n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM607 1654 Actinomyces genus 1654 Actinomyces 2049 Actinomycetaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM608 525245 Actinomyces coleocanis DSM 15436 Strain n.a. n.a. 2049 Actinomycetaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM609 762963 Actinomyces sp. oral taxon 170 str. F0386 Strain 1654 Actinomyces 2049 Actinomycetaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM610 2049 Actinomycetaceae family n.a. n.a. 2049 Actinomycetaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM611 447020 Adlercreutzia genus 447020 Adlercreutzia 1643826 Eggerthellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM612 1375 Aerococcus genus 1375 Aerococcus 186827 Aerococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM613 642 Aeromonas genus 642 Aeromonas 84642 Aeromonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM614 878320 Aeromonas caviae Ae398 Strain 642 Aeromonas 84642 Aeromonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM615 416916 Aggregatibacter genus 416916 Aggregatibacter 712 Pasteurellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM616 1050720 Agrobacterium tumefaciens F2 Strain 357 Agrobacterium 82115 Rhizobiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM617 n.a. Akkermansia spp. Species 239934 Akkermansia 1647988 Akkermansiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM618 506 Alcaligenaceae family n.a. n.a. 506 Alcaligenaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM619 507 Alcaligenes genus 507 Alcaligenes 506 Alcaligenaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM620 626932 Alistipes indistinctus Species 239759 Alistipes 171550 Rikenellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM621 293826 Alkaliphilus metalliredigens QYMF Strain 114627 Alkaliphilus 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM622 350688 Alkaliphilus oremlandii OhILAs Strain 114627 Alkaliphilus 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM623 n.a. Alpha and beta diversity n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. No PMDBM624 28211 Alphaproteobacteria class n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM625 29331 Amphibacillus genus 29331 Amphibacillus 186817 Bacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM626 n.a. an unclassified member of the Neisseriaceae family n.a. n.a. n.a. 481 Neisseriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM627 n.a. anaerobes n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM628 n.a. anaerobic bacteria n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM629 n.a. anaerobic Bacteroidales n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM630 165779 Anaerococcus genus 165779 Anaerococcus 1570339 Peptoniphilaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM631 186333 Anaeroplasmataceae family n.a. n.a. 186333 Anaeroplasmataceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM632 207244 Anaerostipes genus 207244 Anaerostipes 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM633 1663 Arthrobacter genus 1663 Arthrobacter 1268 Micrococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM634 49082 Arthromitus n.a. n.a. n.a. 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM635 1380 Atopobium genus 1380 Atopobium 1643824 Atopobiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM636 292480 Atopostipes genus 292480 Atopostipes 186828 Carnobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM637 1385 Bacillales order n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM638 n.a. Bacillales_Other n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM639 1396 Bacillus cereus Species 1386 Bacillus 186817 Bacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM640 699184 Bacillus cereus SJ1 Strain 1386 Bacillus 186817 Bacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM641 441769 Bacillus coahuilensis m4-4 Strain 1386 Bacillus 186817 Bacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM642 1423 Bacillus subtilis Species 1386 Bacillus 186817 Bacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM643 1118061 Bacteroidales bacterium ph8 Strain 239759 Alistipes 171550 Rikenellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM644 n.a. Bacteroidales family S7-25 Strain n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM645 n.a. Bacteroidales other n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM646 762984 Bacteroides clarus YIT 12056 Strain 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM647 357276 Bacteroides dorei Species 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM648 46506 Bacteroides stercoris Species 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM649 n.a. Bacteroides thetaiotaomicron strain 8669 Strain 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM650 n.a. Bacteroidetes sp. Species n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM651 200643 Bacteroidia class n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM652 n.a. Barnesiellaceae n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM653 n.a. Beta-glucuronidase encoding species Species n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM654 28216 Betaproteobacteria class n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM655 411481 Bifidobacterium adolescentis L2-32 Strain 1678 Bifidobacterium 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM656 398513 Bifidobacterium bifidum NCIMB 41171 Strain 1678 Bifidobacterium 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM657 1689 Bifidobacterium dentium Species 1678 Bifidobacterium 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM658 871562 Bifidobacterium dentium ATCC 27679 Strain 1678 Bifidobacterium 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM659 547043 Bifidobacterium pseudocatenulatum DSM 20438 = JCM 1200 Strain 1678 Bifidobacterium 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM660 78346 Bifidobacterium ruminantium Species 1678 Bifidobacterium 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM661 n.a. Bifidobacterium spp. Species 1678 Bifidobacterium 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM662 759914 Brachyspira pilosicoli 95/1000 Strain 29521 Brachyspira 143786 Brachyspiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM663 41275 Brevundimonas genus 41275 Brevundimonas 76892 Caulobacteraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM664 243160 Burkholderia mallei ATCC 23344 Strain 32008 Burkholderia 119060 Burkholderiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM665 269482 Burkholderia vietnamiensis G4 Strain 32008 Burkholderia 119060 Burkholderiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM666 830 Butyrivibrio genus 830 Butyrivibrio 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM667 n.a. Butyrivibrio spp. Species 830 Butyrivibrio 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM668 553220 Campylobacter gracilis RM3268 Strain 194 Campylobacter 72294 Campylobacteraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM669 360107 Campylobacter hominis ATCC BAA-381 Strain 194 Campylobacter 72294 Campylobacteraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM670 526863 Candidatus Aquirestis calciphila Species 526862 Candidatus Aquirestis 89374 Saprospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM671 84646 Candidatus Odyssella genus 84646 Candidatus Odyssella 1777752 Candidatus Paracaedibacteraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM672 1331051 Candidatus Saccharimonas genus 1331051 Candidatus Saccharimonas n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM673 1016 Capnocytophaga genus 1016 Capnocytophaga 49546 Flavobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM674 553178 Capnocytophaga gingivalis ATCC 33624 Strain 1016 Capnocytophaga 49546 Flavobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM675 424536 Catabacteriaceae family n.a. n.a. 424536 Catabacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM676 76892 Caulobacteraceae family n.a. n.a. 76892 Caulobacteraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM677 204458 Caulobacterales order n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM678 n.a. Cecal aerobic bacteria n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM679 180162 Cetobacterium genus 180162 Cetobacterium 203492 Fusobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM680 188913 Cetobacterium somerae Species 180162 Cetobacterium 203492 Fusobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM681 200795 Chloroflexi phylum n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM682 1046 Chromatiaceae family n.a. n.a. 1046 Chromatiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM683 59732 Chryseobacterium genus 59732 Chryseobacterium n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM684 544 Citrobacter genus 544 Citrobacter 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM685 290338 Citrobacter koseri ATCC BAA-895 Strain 544 Citrobacter 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM686 637910 Citrobacter rodentium ICC168 Strain 544 Citrobacter 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM687 469595 Citrobacter sp. 30_2 species 544 Citrobacter 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM688 500640 Citrobacter youngae ATCC 29220 Strain 544 Citrobacter 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM689 31979 Clostridiaceae family n.a. n.a. 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM690 538999 Clostridiales incertae sedis no rank n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM691 n.a. Clostridiales_unassigned n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM692 445973 Clostridium bartlettii DSM 16795 Strain 1505657 Intestinibacter 186804 Peptostreptococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM693 290402 Clostridium beijerinckii NCIMB 8052 Strain 1485 Clostridium 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM694 498214 Clostridium botulinum A3 str. Loch Maree Strain 1485 Clostridium 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM695 929506 Clostridium botulinum BKT015925 Strain 1485 Clostridium 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM696 445337 Clostridium botulinum C str. Eklund Strain 1485 Clostridium 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM697 592027 Clostridium botulinum D str. 1873 Strain 1485 Clostridium 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM698 536233 Clostridium botulinum E1 str. 'BoNT E Beluga' Strain 1485 Clostridium 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM699 632245 Clostridium butyricum E4 str. BoNT E BL5262 Strain 1485 Clostridium 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM700 536227 Clostridium carboxidivorans P7 Strain 1485 Clostridium 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM701 720554 Clostridium clariflavum DSM 19732 Strain n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM702 n.a. Clostridium cluster XIVa n.a. 1485 Clostridium 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM703 69824 Clostridium cocleatum Species 1505663 Erysipelatoclostridium 128827 Erysipelotrichaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM704 500633 Clostridium hiranonis DSM 13275 Strain n.a. n.a. 186804 Peptostreptococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM705 386415 Clostridium novyi NT Species 1485 Clostridium 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM706 451756 Clostridium perfringens CPE str. F4969 Strain 1485 Clostridium 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM707 451755 Clostridium perfringens E str. JGS1987 Strain 1485 Clostridium 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM708 457396 Clostridium sp. 7_2_43FAA species 1485 Clostridium 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM709 n.a. Clostridium spp. Species 1485 Clostridium 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM710 1511 Clostridium sticklandii Species 186831 Acetoanaerobium 186804 Peptostreptococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM711 n.a. Clostridium XIVb n.a. 1485 Clostridium 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM712 445975 Collinsella stercoris DSM 13279 Strain 102106 Collinsella 84107 Coriobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM713 283 Comamonas genus 283 Comamonas 80864 Comamonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM714 n.a. Coprobacillus unclassified n.a. 100883 Coprobacillus 128827 Erysipelotrichaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM715 1348911 Coprobacter genus 1348911 Coprobacter n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM716 116085 Coprococcus catus species 33042 Coprococcus 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM717 84998 Coriobacteriia class n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM718 700015 Coriobacterium glomerans PW2 Strain 33870 Coriobacterium 84107 Coriobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM719 1653 Corynebacteriaceae family n.a. n.a. 1653 Corynebacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM720 525262 Corynebacterium jeikeium ATCC 43734 Strain 1716 Corynebacterium 1653 Corynebacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM721 525263 Corynebacterium lipophiloflavum DSM 44291 Strain 1716 Corynebacterium 1653 Corynebacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM722 525264 Corynebacterium pseudogenitalium ATCC 33035 Strain 1716 Corynebacterium 1653 Corynebacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM723 662755 Corynebacterium resistens DSM 45100 Strain 1716 Corynebacterium 1653 Corynebacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM724 525268 Corynebacterium striatum ATCC 6940 Strain 1716 Corynebacterium 1653 Corynebacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM725 693216 Cronobacter turicensis z3032 Strain 413496 Cronobacter 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM726 246874 Cryomorphaceae family n.a. n.a. 246874 Cryomorphaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM727 1117 Cyanobacteria phylum n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM728 n.a. Cyanobacteria/Chloroplast n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM729 n.a. Dasytricha spp. Species 40805 Dasytricha 5985 Isotrichidae 2759 Eukaryota n.a. n.a. n.a. No PMDBM730 639282 Deferribacter desulfuricans SSM1 Strain 53572 Deferribacter 191394 Deferribacteraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM731 200930 Deferribacteres phylum n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM732 n.a. Dehalobacteriaceae n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM733 51514 Dehalobacterium n.a. n.a. n.a. 186807 Peptococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM734 28221 Deltaproteobacteria class n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM735 188626 Dermacoccus sp. Ellin185 Strain 57495 Dermacoccus 145357 Dermacoccaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM736 177439 Desulfotalea psychrophila LSv54 Strain 109168 Desulfotalea 213121 Desulfobulbaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM737 207559 Desulfovibrio alaskensis G20 Strain 872 Desulfovibrio 194924 Desulfovibrionaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM738 194924 Desulfovibrionaceae family n.a. n.a. 194924 Desulfovibrionaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM739 653733 Desulfurispirillum indicum S5 Strain 393029 Desulfurispirillum 189770 Chrysiogenaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM740 39948 Dialister genus 39948 Dialister 31977 Veillonellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM741 198628 Dickeya dadantii 3937 Strain 204037 Dickeya 1903410 Pectobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM742 590409 Dickeya dadantii Ech586 Strain 204037 Dickeya 1903410 Pectobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM743 579405 Dickeya dadantii Ech703 Strain 204037 Dickeya 1903410 Pectobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM744 561229 Dickeya zeae Ech1591 Strain 204037 Dickeya 1903410 Pectobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM745 n.a. Diplodinium spp. Species 47888 Diplodinium 47890 Ophryoscolecidae 2759 Eukaryota n.a. n.a. n.a. No PMDBM746 88431 Dorea longicatena Species 189330 Dorea 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM747 634503 Edwardsiella ictaluri 93-146 Strain 635 Edwardsiella 1903412 Hafniaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM748 84111 Eggerthella genus 84111 Eggerthella 1643826 Eggerthellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM749 641853 Elusimicrobia class n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM750 1028307 Enterobacter aerogenes KCTC 2190 Strain 570 Klebsiella 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM751 640513 Enterobacter asburiae LF7a Strain 547 Enterobacter 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM752 1045856 Enterobacter cloacae EcWSU1 Strain 547 Enterobacter 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM753 716541 Enterobacter cloacae subsp. cloacae ATCC 13047 Strain 547 Enterobacter 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM754 718254 Enterobacter cloacae subsp. cloacae NCTC 9394 Strain 547 Enterobacter 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM755 701347 Enterobacter lignolyticus SCF1 Strain 1330546 Pluralibacter 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM756 399742 Enterobacter sp. 638 Strain 547 Enterobacter 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM757 543 Enterobacteriaceae family n.a. n.a. 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM758 81852 Enterococcaceae family n.a. n.a. 81852 Enterococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM759 565654 Enterococcus casseliflavus EC10 Strain 1350 Enterococcus 81852 Enterococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM760 580024 Enterorhabdus genus 580024 Enterorhabdus 1643826 Eggerthellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM761 n.a. Entodinium spp. Species 40635 Entodinium 47890 Ophryoscolecidae 2759 Eukaryota n.a. n.a. n.a. No PMDBM762 n.a. Epidinium spp. Species 40637 Epidinium 47890 Ophryoscolecidae 2759 Eukaryota n.a. n.a. n.a. No PMDBM763 716540 Erwinia amylovora ATCC 49946 Strain 551 Erwinia 1903409 Erwiniaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM764 634500 Erwinia billingiae Eb661 Strain 551 Erwinia 1903409 Erwiniaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM765 465817 Erwinia tasmaniensis Et1/99 Strain 551 Erwinia 1903409 Erwiniaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM766 n.a. Erysipelotrichaceae noname n.a. n.a. n.a. 128827 Erysipelotrichaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM767 502347 Escherichia albertii TW07627 Strain 561 Escherichia 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM768 469008 Escherichia coli BL21(DE3) Strain 561 Escherichia 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM769 656449 Escherichia coli TW10509 Strain 561 Escherichia 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM770 186806 Eubacteriaceae family n.a. n.a. 186806 Eubacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM771 39488 Eubacterium hallii species n.a. n.a. 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM772 903814 Eubacterium limosum KIST612 Strain 1730 Eubacterium 186806 Eubacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM773 97253 Eubacterium plexicaudatum Species 1730 Eubacterium 186806 Eubacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM774 39496 Eubacterium ventriosum Species 1730 Eubacterium 186806 Eubacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM775 n.a. F16 n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM776 748224 Faecalibacterium cf. prausnitzii KLE1255 Strain 216851 Faecalibacterium 541000 Ruminococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM777 117743 Flavobacteria class n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM778 n.a. Flexispira spp Species 2353 Flexispira 72293 Helicobacteraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM779 203492 Fusobacteriaceae family n.a. n.a. 203492 Fusobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM780 848 Fusobacterium genus 848 Fusobacterium 203492 Fusobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM781 556263 Fusobacterium necrophorum D12 Strain 848 Fusobacterium 203492 Fusobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM782 393480 Fusobacterium nucleatum subsp. polymorphum ATCC 10953 Strain 848 Fusobacterium 203492 Fusobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM783 469606 Fusobacterium nucleatum subsp. vincentii 4_1_13 Strain 848 Fusobacterium 203492 Fusobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM784 1378 Gemella genus 1378 Gemella n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM785 n.a. Gemellaceae n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM786 219685 Gemmatimonadetes class n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM787 1196095 Gilliamella apicola Species 1193503 Gilliamella 1240483 Orbaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM788 n.a. Gram-negative bacteria n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM789 626369 Granulicatella elegans ATCC 700633 Strain 117563 Granulicatella 186828 Carnobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM790 724 Haemophilus genus 724 Haemophilus 712 Pasteurellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM791 729 Haemophilus parainfluenzae Species 724 Haemophilus 712 Pasteurellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM792 209 Helicobacter genus 209 Helicobacter 72293 Helicobacteraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM793 679897 Helicobacter mustelae 12198 Strain 209 Helicobacter 72293 Helicobacteraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM794 72293 Helicobacteraceae family n.a. n.a. 72293 Helicobacteraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM795 189772 Herpetosiphonales order n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM796 760142 Hippea maritima DSM 10411 Strain 84404 Hippea 117942 Desulfurellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM797 1573535 Holdemanella n.a. n.a. n.a. 128827 Erysipelotrichaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM798 61170 Holdemania n.a. n.a. n.a. 128827 Erysipelotrichaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM799 81 Hyphomicrobium genus 81 Hyphomicrobium 45401 Hyphomicrobiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM800 n.a. Indole-producing bacteria n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM801 n.a. Intestinal microflora n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM802 1505657 Intestinibacter genus 1505657 Intestinibacter 186804 Peptostreptococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM803 1392389 Intestinimonas genus 1392389 Intestinimonas n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM804 227979 Jeotgalicoccus genus 227979 Jeotgalicoccus 90964 Staphylococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM805 43994 Johnsonella genus 43994 Johnsonella 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM806 1006551 Klebsiella oxytoca KCTC 1686 Strain 570 Klebsiella 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM807 575 Klebsiella planticola Species 160674 Raoultella 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM808 507522 Klebsiella pneumoniae 342 Strain 570 Klebsiella 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM809 1506553 Lachnoclostridium genus 1506553 Lachnoclostridium 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM810 28050 Lachnospira n.a. n.a. n.a. 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM811 n.a. Lachnospiraceae bacterium 2 1 58FAA Strain n.a. n.a. 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM812 n.a. Lachnospiraceae bacterium 3 1 57FAA CT1 Strain n.a. n.a. 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM813 n.a. Lachnospiraceae bacterium 7 1 58FAA Strain n.a. n.a. 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM814 n.a. Lachnospirum spp. Species n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM815 n.a. lactic acid bacteria n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM816 33958 Lactobacillaceae family n.a. n.a. 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM817 525306 Lactobacillus acidophilus ATCC 4796 Strain 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM818 585524 Lactobacillus amylolyticus DSM 11664 Strain 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM819 1605 Lactobacillus animalis species 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM820 525310 Lactobacillus brevis subsp. gravesensis ATCC 27305 Strain 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM821 888027 Lactobacillus delbrueckii subsp. lactis DSM 20072 Strain 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM822 712938 Lactobacillus fermentum CECT 5716 Strain 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM823 525326 Lactobacillus gasseri JV-V03 Strain 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM824 440497 Lactobacillus jensenii 1153 Strain 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM825 257314 Lactobacillus johnsonii NCC 533 Strain 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM826 1040964 Lactobacillus ruminis SPM0211 Strain 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM827 314315 Lactobacillus sakei subsp. sakei 23K Strain 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM828 525365 Lactobacillus ultunensis DSM 16047 Strain 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM829 1423814 Lactobacillus vaginalis ATCC 49540 Strain 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM830 420890 Lactococcus garvieae Lg2 Strain 1357 Lactococcus 1300 Streptococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM831 420345 Lactonifactor n.a. n.a. n.a. 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM832 1091138 Lawsonia n.a. n.a. n.a. 110015 Anthribidae 2759 Eukaryota n.a. n.a. n.a. No PMDBM833 445 Legionella genus 445 Legionella 444 Legionellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM834 525367 Listeria grayi DSM 20601 Strain 1637 Listeria 186820 Listeriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM835 702453 Listeria seeligeri FSL N1-067 Strain 1637 Listeria 186820 Listeriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM836 906 Megasphaera genus 906 Megasphaera 31977 Veillonellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM837 1064535 Megasphaera elsdenii DSM 20460 Strain 906 Megasphaera 31977 Veillonellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM838 n.a. Methanobrevibacter unclassified n.a. 2172 Methanobrevibacter 2159 Methanobacteriaceae 2157 Archaea n.a. n.a. n.a. No PMDBM839 33882 Microbacterium genus 33882 Microbacterium 85023 Microbacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM840 n.a. microbial diversity n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. No PMDBM841 n.a. microbiota n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM842 1268 Micrococcaceae family n.a. n.a. 1268 Micrococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM843 n.a. Mogibacteriaceae n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM844 90690 Morganella genus 90690 Morganella 5426 Lycoperdaceae 2759 Eukaryota n.a. n.a. n.a. No PMDBM845 248039 Mucispirillum schaedleri Species n.a. n.a. 191394 Deferribacteraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM846 n.a. Mycobacterium spp. Species 1763 Mycobacterium 1762 Mycobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM847 888742 Neisseria bacilliformis ATCC BAA-1200 Strain 482 Neisseria 481 Neisseriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM848 546263 Neisseria elongata subsp. glycolytica ATCC 29315 Strain 482 Neisseria 481 Neisseriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM849 546266 Neisseria mucosa ATCC 25996 Strain 482 Neisseria 481 Neisseriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM850 481 Neisseriaceae family n.a. n.a. 481 Neisseriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM851 203693 Nitrospira class n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM852 n.a. Nocardia spp. Species 1817 Nocardia 85025 Nocardiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM853 n.a. norank_c_Cyanobacteria n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM854 n.a. norank_f_Erysipelotrichaceae n.a. n.a. n.a. 128827 Erysipelotrichaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM855 n.a. Norank_f_Hados. Sed. Eubac.3 n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM856 n.a. Norank_f_Peptostreptococcaceae n.a. n.a. n.a. 186804 Peptostreptococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM857 1161 Nostocales order n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM858 1853231 Odoribacteraceae family n.a. n.a. 1853231 Odoribacteraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM859 133925 Olsenella genus 133925 Olsenella 1643824 Atopobiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM860 633147 Olsenella uli DSM 7084 Strain 133925 Olsenella 1643824 Atopobiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM861 n.a. Ophryoscolex spp. Species n.a. n.a. 47890 Ophryoscolecidae 2759 Eukaryota n.a. n.a. n.a. No PMDBM862 75682 Oxalobacteraceae family n.a. n.a. 75682 Oxalobacteraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM863 1100891 Paenalcaligenes genus 1100891 Paenalcaligenes 506 Alcaligenaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM864 186822 Paenibacillaceae family n.a. n.a. 186822 Paenibacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM865 44249 Paenibacillus genus 44249 Paenibacillus 186822 Paenibacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM866 53335 Pantoea genus 53335 Pantoea 1903409 Erwiniaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM867 1123863 Pantoea ananatis LMG 5342 Strain 53335 Pantoea 1903409 Erwiniaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM868 592316 Pantoea sp. At-9b Strain 53335 Pantoea 1903409 Erwiniaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM869 387661 Parabacteroides johnsonii Species 375288 Parabacteroides n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM870 577309 Paraprevotella genus 577309 Paraprevotella 171552 Prevotellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM871 n.a. Paraprevotellaceae n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM872 712 Pasteurellaceae family n.a. n.a. 712 Pasteurellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM873 218491 Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 Strain 122277 Pectobacterium 1903410 Pectobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM874 561231 Pectobacterium wasabiae WPP163 Strain 122277 Pectobacterium 1903410 Pectobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM875 n.a. Pedicoccus n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM876 186807 Peptococcaceae family n.a. n.a. 186807 Peptococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM877 879308 Peptoniphilus sp. oral taxon 375 str. F0436 Strain 162289 Peptoniphilus 1570339 Peptoniphilaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM878 n.a. Peptostreptococcaceae noname n.a. n.a. n.a. 186804 Peptostreptococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM879 n.a. Peptostreptococcaceae noname unclassified n.a. n.a. n.a. 186804 Peptostreptococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM880 1257 Peptostreptococcus genus 1257 Peptostreptococcus 186804 Peptostreptococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM881 596315 Peptostreptococcus stomatis DSM 17678 Strain 1257 Peptostreptococcus 186804 Peptostreptococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM882 243265 Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 Strain 29487 Photorhabdus 1903414 Morganellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM883 118 Planctomyces genus 118 Planctomyces 126 Planctomycetaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM884 186818 Planococcaceae family n.a. n.a. 186818 Planococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM885 891974 Plautia stali symbiont species n.a. n.a. 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM886 836 Porphyromonas genus 836 Porphyromonas 171551 Porphyromonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM887 596327 Porphyromonas uenonis 60-3 Strain 836 Porphyromonas 171551 Porphyromonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM888 n.a. Prevotella spp. Species 838 Prevotella 171552 Prevotellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM889 563008 Prevotella oris C735 Strain 838 Prevotella 171552 Prevotellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM890 n.a. Prevotella/Bacteroides n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM891 1051006 Propionibacterium acnes SK182B-JCVI Strain 1912216 Cutibacterium 31957 Propionibacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM892 210425 Proteus n.a. n.a. n.a. 166053 Proteidae 2759 Eukaryota n.a. n.a. n.a. No PMDBM893 411467 Pseudoflavonifractor capillosus ATCC 29799 Strain 1017280 Pseudoflavonifractor 541000 Ruminococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM894 748280 Pseudogulbenkiania sp. NH8B Strain 568394 Pseudogulbenkiania 1499392 Chromobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM895 1089456 Pseudomonas aeruginosa NCGM2.S1 Strain 286 Pseudomonas 135621 Pseudomonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM896 43263 Pseudomonas alcaligenes Species 286 Pseudomonas 135621 Pseudomonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM897 256466 Pseudomonas japonica Species 286 Pseudomonas 135621 Pseudomonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM898 n.a. Pseudomonas plecoglossicida strain CGMCC 2093 Strain 286 Pseudomonas 135621 Pseudomonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM899 n.a. Pseudomonas plecoglossicida strain R18 Strain 286 Pseudomonas 135621 Pseudomonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM900 n.a. Pseudomonas putida strain SRI156 Strain 286 Pseudomonas 135621 Pseudomonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM901 996285 Pseudomonas stutzeri DSM 4166 Strain 286 Pseudomonas 135621 Pseudomonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM902 629259 Pseudomonas syringae pv. morsprunorum str. M302280 Strain 286 Pseudomonas 135621 Pseudomonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM903 745277 Rahnella aquatilis CIP 78.65 = ATCC 33071 Strain 34037 Rahnella 1903411 Yersiniaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM904 741091 Rahnella sp. Y9602 Strain 34037 Rahnella 1903411 Yersiniaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM905 575 Raoultella planticola Species 160674 Raoultella 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM906 533247 Raphidiopsis brookii D9 Strain n.a. n.a. 1892259 Aphanizomenonaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM907 67575 Rheinheimera genus 67575 Rheinheimera 1046 Chromatiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM908 506534 Rheinheimera sp. A13L Strain 67575 Rheinheimera 1046 Chromatiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM909 41295 Rhodospirillaceae family n.a. n.a. 41295 Rhodospirillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM910 n.a. Richness n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. No PMDBM911 n.a. Richness and Shannon evenness n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. No PMDBM912 301302 Roseburia faecis species 841 Roseburia 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM913 360807 Roseburia inulinivorans Species 841 Roseburia 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM914 680646 Rothia mucilaginosa DY-18 Strain 32207 Rothia 1268 Micrococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM915 n.a. Rothia spp. Species 32207 Rothia 1268 Micrococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM916 n.a. Ruminococcaceae_other n.a. n.a. n.a. 541000 Ruminococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM917 641112 Ruminococcus flavefaciens FD-1 Strain 1263 Ruminococcus 541000 Ruminococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM918 457412 Ruminococcus sp. 5_1_39BFAA Strain 1263 Ruminococcus 541000 Ruminococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM919 657323 Ruminococcus sp. SR1/5 species 1263 Ruminococcus 541000 Ruminococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM920 n.a. Ruminococcus spp. Species 1263 Ruminococcus 541000 Ruminococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM921 n.a. S24-7 Species n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM922 95818 Saccharibacteria phylum n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM923 590 Salmonella genus 590 Salmonella 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM924 218493 Salmonella bongori NCTC 12419 Strain 590 Salmonella 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM925 882884 Salmonella enterica subsp. arizonae serovar 62:z4,z23:- str. RSK2980 Strain 590 Salmonella 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM926 909945 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. SD3246 Strain 590 Salmonella 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM927 1936988 Saprospirales order n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM928 n.a. Segmented filamentous bacteria (SFB) n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM929 667129 Serratia odorifera DSM 4582 Strain 613 Serratia 1903411 Yersiniaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM930 399741 Serratia proteamaculans 568 Strain 613 Serratia 1903411 Yersiniaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM931 768490 Serratia sp. AS12 Strain 613 Serratia 1903411 Yersiniaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM932 n.a. Shannon evenness n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. No PMDBM933 n.a. Shannon index n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. No PMDBM934 22 Shewanella genus 22 Shewanella 267890 Shewanellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM935 318167 Shewanella frigidimarina NCIMB 400 Strain 22 Shewanella 267890 Shewanellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM936 399804 Shewanella putrefaciens 200 Strain 22 Shewanella 267890 Shewanellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM937 n.a. Shewanella sp. Ana-3 Species 22 Shewanella 267890 Shewanellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM938 620 Shigella genus 620 Shigella 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM939 649764 Slackia exigua ATCC 700122 Strain 84108 Slackia 1643826 Eggerthellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM940 471855 Slackia heliotrinireducens DSM 20476 Strain 84108 Slackia 1643826 Eggerthellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM941 n.a. Slackia spp. Species 84108 Slackia 1643826 Eggerthellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM942 1196083 Snodgrassella alvi species 1193515 Snodgrassella 481 Neisseriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM943 204457 Sphingomonadales order n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM944 13687 Sphingomonas genus 13687 Sphingomonas 41297 Sphingomonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM945 203692 Spirochaetes class n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM946 1569 Sporosarcina genus 1569 Sporosarcina 186818 Planococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM947 90964 Staphylococcaceae family n.a. n.a. 90964 Staphylococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM948 754026 Staphylococcus aureus subsp. aureus MRSA177 Strain 1279 Staphylococcus 90964 Staphylococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM949 1282 Staphylococcus epidermidis Species 1279 Staphylococcus 90964 Staphylococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM950 525376 Staphylococcus epidermidis W23144 Strain 1279 Staphylococcus 90964 Staphylococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM951 n.a. Staphylococcus spp. Species 1279 Staphylococcus 90964 Staphylococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM952 40323 Stenotrophomonas genus 40323 Stenotrophomonas 32033 Xanthomonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM953 1328 Streptococcus anginosus species 1301 Streptococcus 1300 Streptococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM954 663952 Streptococcus dysgalactiae subsp. dysgalactiae ATCC 27957 Strain 1301 Streptococcus 1300 Streptococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM955 1069533 Streptococcus infantarius subsp. infantarius CJ18 Strain 1301 Streptococcus 1300 Streptococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM956 68892 Streptococcus infantis Species 1301 Streptococcus 1300 Streptococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM957 1309 Streptococcus mutans species 1301 Streptococcus 1300 Streptococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM958 760570 Streptococcus parasanguinis ATCC 15912 Strain 1301 Streptococcus 1300 Streptococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM959 1305 Streptococcus sanguinis species 1301 Streptococcus 1300 Streptococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM960 1051074 Streptococcus thermophilus JIM 8232 Strain 1301 Streptococcus 1300 Streptococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM962 n.a. Sutterella spp. Species 40544 Sutterella 995019 Sutterellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM963 995019 Sutterellaceae family n.a. n.a. 995019 Sutterellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM964 195950 Tannerella genus 195950 Tannerella n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM965 544448 Tenericutes phylum n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM966 n.a. The bacterial community diversity n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. No PMDBM967 n.a. The bacterial diversity n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. No PMDBM968 n.a. The diversity of microbiota in colon n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. No PMDBM969 n.a. The diversity of total bacteria n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. No PMDBM970 n.a. TM6_Dependentiae n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM971 n.a. TM7 n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM972 n.a. total aerobic bacteria n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM973 82802 Trichococcus genus 82802 Trichococcus 186828 Carnobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM974 2039 Tropheryma whipplei species 2038 Tropheryma n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM975 n.a. Turicibacteraceae n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM976 n.a. unclassified Clostridiales n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM977 n.a. Unclassified gut microbiota n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM978 186928 unclassified Lachnospiraceae no rank n.a. n.a. 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM979 41296 unclassified Rhodospirillaceae no rank n.a. n.a. 41295 Rhodospirillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM980 552397 unclassified Ruminococcaceae no rank n.a. n.a. 541000 Ruminococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM981 n.a. Unclassified_f_Comamonadaceae n.a. n.a. n.a. 80864 Comamonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM982 29465 Veillonella genus 29465 Veillonella 31977 Veillonellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM983 546273 Veillonella dispar ATCC 17748 Strain 29465 Veillonella 31977 Veillonellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM984 450749 Veillonella sp. 6_1_27 Strain 29465 Veillonella 31977 Veillonellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM985 879309 Veillonella sp. oral taxon 158 str. F0412 Strain 29465 Veillonella 31977 Veillonellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM986 n.a. Veillonella unclassified n.a. 29465 Veillonella 31977 Veillonellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM987 31977 Veillonellaceae family n.a. n.a. 31977 Veillonellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM988 203557 Verrucomicrobiaceae family n.a. n.a. 203557 Verrucomicrobiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM989 662 Vibrio genus 662 Vibrio 641 Vibrionaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM990 675811 Vibrio furnissii CIP 102972 Strain 662 Vibrio 641 Vibrionaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM991 911104 Weissella cibaria KACC 11862 Strain 46255 Weissella 81850 Leuconostocaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM992 338 Xanthomonas genus 338 Xanthomonas 32033 Xanthomonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM993 316273 Xanthomonas campestris pv. vesicatoria str. 85-10 Strain 338 Xanthomonas 32033 Xanthomonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM994 406818 Xenorhabdus bovienii SS-2004 Strain 626 Xenorhabdus 1903414 Morganellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM995 406817 Xenorhabdus nematophila ATCC 19061 Strain 626 Xenorhabdus 1903414 Morganellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM996 393305 Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica 8081 Strain 629 Yersinia 1903411 Yersiniaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. No PMDBM997 n.a. α-Diversity n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. No PMDBM998 n.a. γ-Proteobacteria n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. n.a. No PMDBM10 n.a. Alistipes indistinctus DSM 22520 Strain 239759 Alistipes 171550 Rikenellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM100 216816 Bifidobacterium longum Species 1678 Bifidobacterium 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria Yes Animal Marketed Yes PMDBM101 n.a. Bifidobacterium longum H-1 Species 1678 Bifidobacterium 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM102 n.a. Bifidobacterium longum HY8001 Species 1678 Bifidobacterium 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM103 1682 Bifidobacterium longum subsp. infantis Subspecies 1678 Bifidobacterium 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria Yes Animal Marketed Yes PMDBM104 537937 Bifidobacterium longum subsp. Infantis CCUG52486 Strain 1678 Bifidobacterium 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM106 28026 Bifidobacterium pseudocatenulatum Species 1678 Bifidobacterium 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria Yes Human Research Yes PMDBM11 28117 Alistipes putredinis Species 239759 Alistipes 171550 Rikenellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM110 35832 Bilophila Genus 35832 Bilophila 194924 Desulfovibrionaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM111 35833 Bilophila wadsworthia Species n.a. n.a. 194924 Desulfovibrionaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM112 572511 Blautia Genus 572511 Blautia 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM114 537007 Blautia hansenii DSM20583 Strain 572511 Blautia 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM117 33035 Blautia producta Species 572511 Blautia 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM119 478749 Marvinbryantia formatexigens DSM 14469 Strain 248744 Marvinbryantia 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM12 174708 Allobaculum Genus 174708 Allobaculum 128827 Erysipelotrichaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM121 580596 Butyricicoccus Genus 580596 Butyricicoccus 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM122 501571 Butyricicoccus pullicaecorum Species 580596 Butyricicoccus 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria Yes Human Research Yes PMDBM123 574697 Butyricimonas Genus 574697 Butyricimonas 1853231 Odoribacteraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM127 194 Campylobacter Genus 194 Campylobacter 72294 Campylobacteraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM128 5476 Candida albicans Species 1535326 Candida 766764 Debaryomycetaceae 2759 Eukaryota n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM129 2747 Carnobacterium Genus 2747 Carnobacterium 186828 Carnobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM13 1283313 Alloprevotella Genus 1283313 Alloprevotella 171552 Prevotellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM134 546 Citrobacter freundii Species 544 Citrobacter 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM138 1898207 Clostridiales bacterium Species n.a. n.a. n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM141 1485 Clostridium Genus 1485 Clostridium 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM142 518636 Clostridium asparagiforme DSM15981 Strain 1485 Clostridium 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM144 411902 Clostridium bolteae ATCCBAA-613 Strain 1485 Clostridium 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM145 1492 Clostridium butyricum Species 1485 Clostridium 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria Yes Animal Research Yes PMDBM149 699035 Clostridium difficile 120 Strain 1485 Clostridium 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM150 566550 Clostridium hathewayi DSM13479 Strain 1485 Clostridium 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM151 n.a. Clostridium innocuum ES 24-06 Species 1485 Clostridium 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM152 1535 Clostridium leptum Species n.a. n.a. 541000 Ruminococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM153 1502 Clostridium perfringens Species 1485 Clostridium 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM154 445974 Clostridium ramosum DSM1402 Strain 1485 Clostridium 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM157 29347 Clostridium scindens Species 1506553 Lachnoclostridium 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria Yes Animal Research Yes PMDBM158 411468 Clostridium scindens ATCC35704 Strain 1485 Clostridium 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM16 561177 Anaerococcus hydrogenalis DSM7454 Strain 165779 Anaerococcus 1570339 Peptoniphilaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM161 428126 Clostridium spiroforme DSM1552 Strain 1485 Clostridium 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM162 1509 Clostridium sporogenes Species 1485 Clostridium 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM163 471871 Clostridium sporogenes ATCC15579 Strain 1485 Clostridium 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM164 411472 Clostridium symbiosum ATCC14940 Strain 1485 Clostridium 31979 Clostridiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM166 102106 Collinsella Genus 102106 Collinsella 84107 Coriobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM167 74426 Collinsella aerofaciens Species 102106 Collinsella 84107 Coriobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM168 411903 Collinsella aerofaciens ATCC25986 Strain 102106 Collinsella 84107 Coriobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM169 521003 Collinsella intestinalis DSM13280 Strain 102106 Collinsella 84107 Coriobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM170 33042 Coprococcus Genus 33042 Coprococcus 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM171 410072 Coprococcus comes Species 33042 Coprococcus 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM172 470146 Coprococcus comes ATCC27758 Strain 33042 Coprococcus 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM175 1716 Corynebacterium Genus 1716 Corynebacterium 1653 Corynebacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM176 28141 Cronobacter sakazakii Species 413496 Cronobacter 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM178 49338 Desulfitobacterium hafniense Species 36853 Desulfitobacterium 186807 Peptococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM179 872 Desulfovibrio Genus 872 Desulfovibrio 194924 Desulfovibrionaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM180 876 Desulfovibrio desulfuricans Species 872 Desulfovibrio 194924 Desulfovibrionaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM182 189330 Dorea Genus 189330 Dorea 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM183 39486 Dorea formicigenerans Species 189330 Dorea 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM184 411461 Dorea formicigenerans ATCC27755 Strain 189330 Dorea 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM185 500638 Edwardsiella tarda ATCC23685 Strain 1903412 Edwardsiella 635 Hafniaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM186 84112 Eggerthella lenta Species 84111 Eggerthella 1643826 Eggerthellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM187 n.a. Eggerthella lenta ATCC25559 Strain 84111 Eggerthella 1643826 Eggerthellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM19 244127 Anaerotruncus Genus 244127 Anaerotruncus 541000 Ruminococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM191 547 Enterobacter Genus 547 Enterobacter 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM192 500639 Enterobacter cancerogenus ATCC35316 Strain 547 Enterobacter 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM193 550 Enterobacter cloacae Species 547 Enterobacter 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM196 1350 Enterococcus Genus 1350 Enterococcus 81852 Enterococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM198 37734 Enterococcus casseliflavus Species 1350 Enterococcus 81852 Enterococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM199 1351 Enterococcus faecalis Species 1350 Enterococcus 81852 Enterococcaceae 2 Bacteria Yes Animal Marketed Yes PMDBM2 469 Acinetobacter Genus 469 Acinetobacter 468 Moraxellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM20 169435 Anaerotruncus colihominis Species 244127 Anaerotruncus 541000 Ruminococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM200 226185 Enterococcus faecalis V583 Strain 1350 Enterococcus 81852 Enterococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM201 1352 Enterococcus faecium Species 1350 Enterococcus 81852 Enterococcaceae 2 Bacteria Yes Animal Research Yes PMDBM202 1354 Enterococcus hirae Species 1350 Enterococcus 81852 Enterococcaceae 2 Bacteria Yes Human Research Yes PMDBM208 561 Escherichia Genus 561 Escherichia 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM209 562 Escherichia coli Species 561 Escherichia 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria Yes Human Clinical trial Yes PMDBM21 445972 Anaerotruncus colihominis DSM17241 Strain 244127 Anaerotruncus 541000 Ruminococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM210 1322345 Escherichia coli ATCC 25922 Species 561 Escherichia 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM211 n.a. Escherichia coli BW25113 Strain 561 Escherichia 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM212 585397 Escherichia coli ED1a Species 561 Escherichia 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM213 585034 Escherichia coli IAI1 Species 561 Escherichia 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM214 316435 Escherichia coli Nissle 1917 Species 561 Escherichia 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria Yes Human Clinical trial Yes PMDBM216 1730 Eubacterium Genus 1730 Eubacterium 186806 Eubacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM218 518637 Eubacterium biforme DSM3989 Strain 1730 Eubacterium 186806 Eubacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM219 39485 Eubacterium eligens Species 1730 Eubacterium 186806 Eubacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM22 162425 Aspergillus nidulans Species 5052 Aspergillus 1131492 Aspergillaceae 2759 Eukaryota n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM220 411469 Eubacterium hallii DSM3353 Strain 1730 Eubacterium 186806 Eubacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM221 1736 Eubacterium limosum Species 1730 Eubacterium 186806 Eubacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM223 39490 Eubacterium ramulus Species 1730 Eubacterium 186806 Eubacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM224 39491 Eubacterium rectale Species n.a. n.a. 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM225 515619 Eubacterium rectale ATCC33656 Strain 1730 Eubacterium 186806 Eubacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM23 5062 Aspergillus oryzae Species 5052 Aspergillus 1131492 Aspergillaceae 2759 Eukaryota n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM230 411463 Eubacterium ventriosum ATCC27560 Strain 1730 Eubacterium 186806 Eubacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM232 216851 Faecalibacterium Genus 216851 Faecalibacterium 541000 Ruminococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM233 853 Faecalibacterium prausnitzii Species 216851 Faecalibacterium 541000 Ruminococcaceae 2 Bacteria Yes Human Research Yes PMDBM236 833 Fibrobacter succinogenes Species 832 Fibrobacter 204431 Fibrobacteraceae 2 Bacteria Yes Animal Marketed Yes PMDBM244 n.a. Fusobacterium nucleatum G-470 Species 848 Fusobacterium 203492 Fusobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM247 2701 Gardnerella Genus 2701 Gardnerella 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM249 644652 Gordonibacter Genus 644652 Gordonibacter 1643826 Eggerthellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM253 210 Helicobacter pylori Species 209 Helicobacter 72293 Helicobacteraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM255 570 Klebsiella Genus 570 Klebsiella 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM256 571 Klebsiella oxytoca Species 570 Klebsiella 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM257 574 Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae Subspecies 570 Klebsiella 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM258 573 Klebsiella pneumoniae Species 570 Klebsiella 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM259 39831 Klebsiella pneumoniae subsp. rhinoscleromatis Subspecies 570 Klebsiella 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM26 55087 Bacillus Genus 55087 Bacillus 55086 Bacillidae 2759 Eukaryota n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM268 1578 Lactobacillus Genus 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM269 1579 Lactobacillus acidophilus Species 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria Yes Animal Field trial (Animal) Yes PMDBM270 1580 Lactobacillus brevis Species 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria Yes Animal Marketed Yes PMDBM271 1585 Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus Subspecies 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria Yes Animal Marketed Yes PMDBM272 1613 Lactobacillus fermentum Species 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria Yes Animal Marketed Yes PMDBM274 33959 Lactobacillus johnsonii Species 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria Yes Human Research Yes PMDBM276 97478 Lactobacillus mucosae Species 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria Yes Human Clinical trial Yes PMDBM277 1622 Lactobacillus murinus Species 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria Yes Animal Research Yes PMDBM279 1590 Lactobacillus plantarum Species 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria Yes Animal Marketed Yes PMDBM280 1598 Lactobacillus reuteri Species 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria Yes Animal Marketed Yes PMDBM281 525341 Lactobacillus reuteri CF48-3A BEI HM-102 Strain 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM282 47715 Lactobacillus rhamnosus Species 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria Yes Animal Marketed Yes PMDBM285 1357 Lactococcus Genus 1357 Lactococcus 1300 Streptococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM286 1363 Lactococcus garvieae Species 1357 Lactococcus 1300 Streptococcaceae 2 Bacteria Yes Animal Research Yes PMDBM288 1243 Leuconostoc Genus 1243 Leuconostoc 81850 Leuconostocaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM290 2172 Methanobrevibacter Genus 2172 Methanobrevibacter 2159 Methanobacteriaceae 2157 Archaea n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM291 1269 Micrococcus Genus 1269 Micrococcus 1268 Micrococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM292 1270 Micrococcus luteus Species 1269 Micrococcus 1268 Micrococcaceae 2 Bacteria Yes Animal Research Yes PMDBM295 582 Morganella morganii Species 581 Morganella 1903414 Morganellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM298 1763 Mycobacterium Genus 1763 Mycobacterium 1762 Mycobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM299 2093 Mycoplasma Genus 2093 Mycoplasma 2092 Mycoplasmataceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM300 2100 Mycoplasma hyorhinis Species 2093 Mycoplasma 2092 Mycoplasmataceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM302 283168 Odoribacter Genus 283168 Odoribacter 1853231 Odoribacteraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM303 28118 Odoribacter splanchnicus Species 283168 Odoribacter 1853231 Odoribacteraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM305 459786 Oscillibacter Genus 459786 Oscillibacter 216572 Oscillospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM308 375288 Parabacteroides Genus 375288 Parabacteroides 171551 Porphyromonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM309 823 Parabacteroides distasonis Species 375288 Parabacteroides 171551 Porphyromonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM31 816 Bacteroides Genus 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM310 435591 Parabacteroides distasonis ATCC8503 Strain 375288 Parabacteroides 171551 Porphyromonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM311 328812 Parabacteroides goldsteinii Species 375288 Parabacteroides 171551 Porphyromonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM312 537006 Parabacteroides johnsonii DSM18315 Strain 375288 Parabacteroides 171551 Porphyromonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM313 46503 Parabacteroides merdae Species 375288 Parabacteroides 171551 Porphyromonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM314 411477 Parabacteroides merdae ATCC43184 Strain 375288 Parabacteroides 171551 Porphyromonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM315 577310 Parasutterella Genus 577310 Parasutterella 995019 Sutterellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM316 1253 Pediococcus Genus 1253 Pediococcus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM318 n.a. Peptostreptococcus anaerobius 0240 Species 1257 Peptostreptococcus 186804 Peptostreptococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM322 33024 Phascolarctobacterium Genus 33024 Phascolarctobacterium 909930 Acidaminococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM324 703 Plesiomonas shigelloides Species 702 Plesiomonas n.a. n.a. 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM326 837 Porphyromonas gingivalis Species 836 Porphyromonas 171551 Porphyromonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM328 838 Prevotella Genus 838 Prevotella 171552 Prevotellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM329 165179 Prevotella copri Species 838 Prevotella 171552 Prevotellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM33 47678 Bacteroides caccae Species 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM330 840 Prevotella loescheii Species 838 Prevotella 171552 Prevotellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM331 28135 Prevotella oris Species 838 Prevotella 171552 Prevotellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM339 471881 Proteus penneri ATCC35198 Strain 583 Proteus 1903414 Morganellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM34 411901 Bacteroides caccae ATCC43185 Strain 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM340 520999 Providencia alcalifaciens DSM30120 Strain 586 Providencia 1903414 Morganellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM341 521000 Providencia rettgeri DSM1131 Strain 586 Providencia 1903414 Morganellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM342 471874 Providencia stuartii ATCC25827 Strain 586 Providencia 1903414 Morganellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM346 286 Pseudomonas Genus 286 Pseudomonas 135621 Pseudomonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM347 287 Pseudomonas aeruginosa Species 286 Pseudomonas 135621 Pseudomonadaceae 2 Bacteria Yes Animal Field trial (Animal) Yes PMDBM349 303 Pseudomonas putida Species 286 Pseudomonas 135621 Pseudomonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM35 537012 Bacteroides cellulosilyticus DSM14838 Strain 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM353 841 Roseburia Genus 841 Roseburia 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM354 301301 Roseburia hominis Species 841 Roseburia 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM355 166486 Roseburia intestinalis Species 841 Roseburia 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM356 536231 Roseburia intestinalis L1-82 Strain 841 Roseburia 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM359 1263 Ruminococcus Genus 1263 Ruminococcus 541000 Ruminococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM36 547042 Bacteroides coprophilus DSM18228 Strain 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM360 1264 Ruminococcus albus Species 1263 Ruminococcus 541000 Ruminococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM361 40518 Ruminococcus bromii Species 1263 Ruminococcus 541000 Ruminococcaceae 2 Bacteria Yes Animal Field trial (Animal) Yes PMDBM362 1265 Ruminococcus flavefaciens Species 1263 Ruminococcus 541000 Ruminococcaceae 2 Bacteria Yes Animal Research Yes PMDBM363 33038 Ruminococcus gnavus Species 572511 Blautia 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM364 411470 Ruminococcus gnavus ATCC29149 Strain 1263 Ruminococcus 541000 Ruminococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM365 46228 Ruminococcus lactaris Species n.a. n.a. 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM366 471875 Ruminococcus lactaris ATCC29176 Strain 1263 Ruminococcus 541000 Ruminococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM369 33039 Ruminococcus torques Species 572511 Blautia 186803 Lachnospiraceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM370 411460 Ruminococcus torques ATCC27756 Strain 1263 Ruminococcus 541000 Ruminococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM371 90371 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium Subspecies 590 Salmonella 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM377 615 Serratia marcescens Species 613 Serratia 1903411 Yersiniaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM378 623 Shigella flexneri Species 620 Shigella 543 Enterobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM38 547042 Bacteroides dorei DSM17855 Strain 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM381 1279 Staphylococcus Genus 1279 Staphylococcus 90964 Staphylococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM382 1280 Staphylococcus aureus Species 1279 Staphylococcus 90964 Staphylococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM385 1301 Streptococcus Genus 1301 Streptococcus 1300 Streptococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM386 1311 Streptococcus agalactiae Species 1301 Streptococcus 1300 Streptococcaceae 2 Bacteria Yes Animal Research Yes PMDBM388 1318 Streptococcus parasanguinis Species 1301 Streptococcus 1300 Streptococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM389 1314 Streptococcus pyogenes Species 1301 Streptococcus 1300 Streptococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM39 28111 Bacteroides eggerthii Species 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM391 1304 Streptococcus salivarius Species 1301 Streptococcus 1300 Streptococcaceae 2 Bacteria Yes Human Clinical trial Yes PMDBM392 1308 Streptococcus thermophilus Species 1301 Streptococcus 1300 Streptococcaceae 2 Bacteria Yes Animal Marketed Yes PMDBM394 292632 Subdoligranulum Genus 292632 Subdoligranulum 541000 Ruminococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM395 411471 Subdoligranulum variabile DSM15176 Strain 292632 Subdoligranulum 541000 Ruminococcaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM397 40544 Sutterella Genus 40544 Sutterella 995019 Sutterellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM399 191303 Turicibacter Genus 191303 Turicibacter 128827 Erysipelotrichaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM4 446660 Adlercreutzia equolifaciens Species 447020 Adlercreutzia 1643826 Eggerthellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM40 483216 Bacteroides eggerthii DSM20697 Strain 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM405 29466 Veillonella parvula Species 29465 Veillonella 31977 Veillonellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM408 666 Vibrio cholerae Species 662 Vibrio 641 Vibrionaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM41 483215 Bacteroides finegoldii DSM17565 Strain 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM411 1583 Weissella confusa Species 46255 Weissella 81850 Leuconostocaceae 2 Bacteria Yes Animal Research Yes PMDBM42 817 Bacteroides fragilis Species 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria Yes Human Research Yes PMDBM43 1339284 Bacteroides fragilis 3397 T10 Strain 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM44 n.a. Bacteroides fragilis ATCC43859 Strain 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM45 1339276 Bacteroides fragilis DS-208 Strain 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM46 n.a. Bacteroides fragilis enterotoxigenic Species 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM47 1073386 Bacteroides fragilis HMW610 Strain 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM48 1073387 Bacteroides fragilis HMW615 Strain 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM49 272559 Bacteroides fragilis NCTC 9343 Strain 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM5 644 Aeromonas hydrophila Species 642 Aeromonas 84642 Aeromonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM50 n.a. Bacteroides fragilis nontoxigenic Species 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM506 n.a. Lactobacillus acidophilus ATCC 4356 Species 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM508 n.a. Lactobacillus casei IFPL7190 Species 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM509 n.a. Lactobacillus plantarum IFPL93 Species 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM51 n.a. Bacteroides fragilis subspp. Thetaotus Subspecies 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM510 n.a. Lactobacillus reuteri ATCC 23272 Species 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM511 n.a. Lactobacillus rhamnosus NZRM 299 Species 1578 Lactobacillus 33958 Lactobacillaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM517 n.a. Bacteroides uniformis sp. Species 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM52 1339287 Bacteroides fragilis T(B)9 Strain 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM520 n.a. Bifidobacterium bifidum HDD541 Species 1678 Bifidobacterium 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM521 n.a. Bifidobacterium breve NRRL B-41408 Species 1678 Bifidobacterium 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM522 n.a. Bifidobacterium breve NZRM3932 Species 1678 Bifidobacterium 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM53 n.a. Bacteroides intestinalis AM-1 Species 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM54 471870 Bacteroides intestinalis DSM17393 Strain 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM57 28116 Bacteroides ovatus Species 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM58 411476 Bacteroides ovatus ATCC8483 Strain 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM59 483218 Bacteroides pectinophilus ATCC43243 Strain 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM6 239934 Akkermansia Genus 239934 Akkermansia 1647988 Akkermansiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM66 449673 Bacteroides stercoris ATCC43183 Strain 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM67 n.a. Bacteroides stercoris HJ-15 Species 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM68 818 Bacteroides thetaiotaomicron Species 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM69 n.a. Bacteroides thetaiotaomicron 3731 Strain 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM7 239935 Akkermansia muciniphila Species 239934 Akkermansia 1647988 Akkermansiaceae 2 Bacteria Yes Human Research Yes PMDBM70 n.a. Bacteroides thetaiotaomicron 7330 Strain 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM71 226186 Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 Strain 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM72 820 Bacteroides uniformis Species 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM74 411479 Bacteroides uniformis ATCC8492 Strain 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM75 821 Bacteroides vulgatus Species 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM76 435590 Bacteroides vulgatus ATCC8482 Strain 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM78 371601 Bacteroides xylanisolvens Species 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria Yes Human Clinical trial Yes PMDBM79 n.a. Bacteroides xylanisolvens DSM18836 Strain 816 Bacteroides 815 Bacteroidaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM8 349741 Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835 Strain 239934 Akkermansia 1647988 Akkermansiaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM82 397864 Barnesiella Genus 397864 Barnesiella 171551 Porphyromonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM83 487174 Barnesiella intestinihominis Species 397864 Barnesiella 171551 Porphyromonadaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM87 1678 Bifidobacterium Genus 1678 Bifidobacterium 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM88 1680 Bifidobacterium adolescentis Species 1678 Bifidobacterium 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria Yes Animal Marketed Yes PMDBM89 367928 Bifidobacterium adolescentis ATCC 15703 Strain 1678 Bifidobacterium 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM9 239759 Alistipes Genus 239759 Alistipes 171550 Rikenellaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM93 1681 Bifidobacterium bifidum Species 1678 Bifidobacterium 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria Yes Animal Marketed Yes PMDBM94 1685 Bifidobacterium breve Species 1678 Bifidobacterium 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria Yes Human Research Yes PMDBM95 1036735 Bifidobacterium breve CECT 7263 Species 1678 Bifidobacterium 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM96 518634 Bifidobacterium breve DSM20213 Strain 1678 Bifidobacterium 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM97 n.a. Bifidobacterium breve K-110 Species 1678 Bifidobacterium 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria n.a. n.a. n.a. Yes PMDBM98 1686 Bifidobacterium catenulatum Species 1678 Bifidobacterium 31953 Bifidobacteriaceae 2 Bacteria Yes Human Research Yes